Początki szkolnictwa na terenie Przegini Duchownej wiążą się zapewne z działalnością duchowieństwa na tych ziemiach. Historia obecnej szkoły podstawowej sięga pierwszej połowy XIX wieku. Stary budynek szkolny miał przypuszczalnie ponad 160 lat, jednak nie zachowały się żadne dokumenty z tego okresu. Najstarszymi, a zarazem jedynymi zachowanymi w szkole dokumentami są: arkusze ocen, niektóre dzienniki lekcyjne oraz nieliczne protokoły klasyfikacyjne. Najstarsze arkusze ocen pochodzą z roku szkolnego 1900/1901.

Analizując zachowane dokumenty udało się ustalić, że przed I wojną światową szkoła w Przegini Duchownej należała do obwodu szkolnego krakowskiego i była to szkoła ludowa, dwuklasowa, mieszana o czterech stopniach nauczania i sześcioletnim cyklu tegoż nauczania. Realizacja programu odbywała się w dwóch klasach łączonych – jednej – realizującej program I i II stopnia oraz drugiej – realizującej program III i IV stopnia. W latach 1900 – 1920 w szkole w każdym roku szkolnym uczyło się przeciętnie 150 – 170 uczniów. Kierownikami szkoły byli w tym czasie: p. Musiał, p. Jarosz, p. Madej, p. Łabudziński.

Po zakończeniu I wojny światowej status szkoły się nie zmienił. Dopiero w roku szkolnym 1926/27 przemianowaną ją na trzyklasową szkołę publiczną, powszechną i mieszaną. Taki stopień szkoła miała do roku 1933. Nadmienić należy, że w latach 1924 – 1932 nosiła imię Księcia Józefa Poniatowskiego. Z lat 1933 – 1945 brak danych archiwalnych.

Po II wojnie światowej w budynku szkolnym zaczęła funkcjonować sześcioklasowa, a potem siedmioklasowa Szkoła Powszechna, której zasłużoną kierowniczką była p. Dziunnikowska. W latach 60 na mocy ustawy podniesiono stopień organizacyjny szkoły do ośmiu klas.

W związku z reformą szkolnictwa w 1978 roku obcięto stopień organizacyjny szkoły do 6 klas i zarządzono dowożenie uczniów klas 7 i 8 do Zbiorczej Szkoły Gminnej w Czernichowie, zmieniając placówkę w Przegini Duchownej w filię szkoły gminnej. W 1980 roku przywrócono szkole samodzielność, ale nie podniesiono stopnia organizacyjnego ze względu na złe warunki lokalowe.

W 1983 roku został powołany Społeczny Komitet Budowy Szkoły w Przegini Duchownej, który rozpoczął starania o pozyskanie planów i środków na budowę.

W 1991 roku rozpoczęto przygotowania do budowy szkoły. Wyrównano teren, wytyczono i wykopano fundamenty pod budynek szkoły.

14 czerwca 1992 roku odbyła się uroczystość poświęcenia placu budowy i wmurowania kamienia węgielnego, zorganizowana przez Społeczny Komitet Budowy Szkoły. W 1994 roku budynek został przykryty dachem.

I wreszcie 3 maja 1998 roku dokonano uroczystego otwarcia nowego budynku szkoły. Patronem został ponownie książę Józef Poniatowski – generał, minister wojny i Naczelny Wódz Księstwa Warszawskiego.

Dzięki ofiarności i pracowitości lokalnej społeczności 1 września 1998 roku po raz pierwszy w nowej szkole rok szkolny rozpoczęło w 7 oddziałach 135 uczniów i 17 dzieci w oddziale przedszkolnym oraz 10-osobowe grono pedagogiczne z panią dyrektor Teresą Baranowską.

2 maja 1999 roku zainaugurowano po raz pierwszy obchody Święta Szkoły, które będzie przypadać w rocznicę otwarcia nowej szkoły. W czerwcu zakończył naukę ostatni rocznik siódmoklasistów.

Nowy rok szkolny 1999/2000, w związku z reformą oświaty, rozpoczęło 6 klas. Pomimo starań rodziców nie udało się otworzyć oddziału gimnazjum.

W grudniu 1999 roku Zarząd Gminy Czernichów poinformował o planach restrukturyzacji sieci placówek oświatowych na terenie gminy. Plany mówiły o likwidacji Szkoły Podstawowej w Przegini Duchownej i utworzeniu w jej miejsce Oddziału Gimnazjum z Czernichowa i filii Szkoły Podstawowej w Rybnej z klasami I – III. Przeciwko likwidacji szkoły zaprotestowali pracownicy szkoły oraz mieszkańcy wsi. Dzięki ich zaangażowaniu Szkoła Podstawowa pozostała w nowym budynku.

W maju 2011 roku odbyła się piękna uroczystość poświęcenia sztandaru, a potem jego przekazanie społeczności szkolnej przez rodziców.

1 września 2017r. powstał Zespół Szkolno – Przedszkolny z Oddziałami Integracyjnymi w Przegini Duchownej pod kierownictwem pani dyrektor Eweliny Tomskiej, łączący w jedno Szkołę Podstawową im. Księcia Józefa Poniatowskiego i Integracyjne Samorządowe Przedszkole w Przegini Duchownej.